Podczas okupacji niemieckiej, w kwietniu 1942 roku Niemcy utworzyli getto dla żydowskich mieszkańców. Przebywało w nim około 3000 Żydów. W październiku 1942 zostali wywiezieni do obozu zagłady Treblinka II i tam zamordowani.
W 1944 roku Armia Czerwona w czasie operacji Bagration dotarła do Pacanowa. W czasie tworzenia przyczółka baranowsko-sandomierskiego w okolicy miejscowości doszło do walk. Po niemieckim ostrzale artyleryjskim, 17 sierpnia spalił się kościół w Pacanowie. Decyzją radzieckich władz wojskowych 10 września mieszkańcy zostali ewakuowani ponieważ rejon Pacanowa stał się terenem przyfrontowym. Ludność powróciła do miasteczka po 12 stycznia 1945 roku.
W latach 1975–1998 miejscowość położona była w województwie kieleckim.
Konsultacje lokalne w sprawie nadania statusu miasta (2018) 9 lutego 2018, podczas sesji Rady Gminy Pacanów, radni podjęli uchwałę, w której upoważnili wójta do rozpoczęcia starań o odzyskanie praw miejskich. Rada Gminy Pacanów przyjęła 23 marca 2018 uchwałę (w formie apelu) w sprawie przywrócenia praw miejskich miejscowościom, które zostały ich pozbawione w wyniku represji carskich.