Ścigany przez gestapo ukrywał się w tzw. Kraju Warty. W 1941 na polecenie Edwarda van Blericqa, wikariusza generalnego archidiecezji gnieźnieńskiej, przedostał się do Generalnego Gubernatorstwa. Spotkał się jednak z odmową przyjęcia do pracy duszpasterskiej. W tej sytuacji od 1942 przebywał w Warszawie. Utrzymywał się z intencji mszalnych, dorywczej pracy, korzystał z życzliwości i wsparcia ludzi. Posyłał paczki do obozów koncentracyjnych, kolportował prasę podziemną, został kapelanem Korpusu Zachodniego w okupacyjnej Warszawie.
Podjął studia prawa kanonicznego na konspiracyjnym Wydziale Teologii Katolickiej Uniwersytetu Warszawskiego, kończąc w 1943 dwa semestry. Po utworzeniu w 1943 Wydziału Teologicznego Tajnego Uniwersytetu Ziem Zachodnich w Warszawie objął w nim funkcję sekretarza. Studia kontynuował na Wydziale Prawa Kanonicznego Katolickiego Uniwersytetu Lubelskiego, którego filię współorganizował w Warszawie i był jej sekretarzem. Znając język niemiecki, służył biskupowi Antoniemu Szlagowskiemu, sufraganowi warszawskiemu, jako tłumacz, kiedy trzeba było rozmawiać z Niemcami i wstawiać się za prześladowanymi Polakami.