Córka Zygmunta Starego, królowa Polski Anna Jagiellonka nadała (1588) miejscowości, znanej już jako Prużana magdeburskie prawa miejskie i herb (w srebrnym polu błękitny wąż ze złotą koroną na głowie, trzymający w pysku dziecko). Po (1589) nowo wybrany król Polski Zygmunt III Waza zatwierdził to swoim przywilejem (zezwalającym na organizowanie 4 jarmarków rocznie), nieznacznie zmieniając herb miasta. Heraldyczny wąż jest symbolem rodziny Sforza – matka Anny Jagiellonki królowa Bona Sforza była córką księcia Mediolanu Gian Galeazzo Sforzy.
Zbudowany został „dwór królewski” – drewniany pałac z zabudowaniami gospodarczymi. W końcu XVI wieku miasto liczyło ponad 1000 mieszkańców.
Coraz liczniej napływali do miasta koloniści żydowscy. Żydzi (także z sekty karaimów – pochodzącej z VIII wieku i nie uznającej Talmudu), w XVIII wieku stanowili już około 40% ludności liczącego 1,5 tys. mieszkańców miasteczka (pierwsza synagoga powstała jeszcze w 1463 roku). Po zniszczeniach, wywołanych najazdami Kozaków, Szwedów i Rosjan ocalało zaledwie 20% zabudowy miasta.