Występował wówczas jako obrońca niezależności Kościoła katolickiego w Niemczech od państwa oraz jego autonomii narodowej, z zachowaniem wierności Stolicy Apostolskiej.
Starokatolicyzm Od 1850 roku Döllinger zaczął coraz śmielej głosić postulaty utworzenia Kościoła narodowego w Niemczech o ustroju episkopalno-synodalnym, który byłby antidotum na rozwijający się w Kościele katolickim ultramontanizm. Rozpoczął kampanię przeciw neoscholastyce i rzymskiej szkole teologicznej, opowiadając się za uprawianiem teologii naukowej. Apelował o odrodzenie teologii niemieckiej, która byłaby konkurencją dla teologii krajów romańskich. Całą siłę swojej osobowości zaangażował w obronę studiów uniwersyteckich dla niemieckich księży i teologów katolickich, występując przeciwko poprzestawaniu jedynie na wykształceniu seminaryjnym.
W 1854 roku otwarcie wystąpił z dezaprobatą wobec ogłoszenia dogmatu o niepokalanym poczęciu Maryi przez papieża Piusa IX, a następnie stał się krytykiem opinii niektórych teologów katolickich o nieomylności papieża.