Po powrocie na Ziemię bohater trafia do kryjówki Morfów ukrytej pod nocnym klubem i odkrywa ich plan podboju planety. Przez teleport przedostaje się na macierzystą planetę obcych, gdzie uwalnia więźnia, Phillipa Howarda Clarka. Umierający Clark przekazuje mu ładunek atomowy przeznaczony do zniszczenia „Master Braina” – istoty sterującej całą rasą. Conrad detonuje ładunek w jądrze planety i ucieka skradzionym statkiem, po czym – niezdolny do ustalenia drogi powrotnej – zapada w hibernację, co stanowi punkt wyjścia fabuły Fade to Black.
Rozgrywka Flashback należy do nurtu cinematic platformers, wywodzącego się z Prince of Persia oraz Another World. Poziomy zbudowane są z nieprzewijanych ekranów, przechodzących jeden w drugi, z których niemal każdy obejmuje kilka poziomów wysokości; gracz musi skakać, chwytać się krawędzi, wspinać, korzystać z wind i zeskakiwać niżej. Conrad porusza się w tempie odpowiadającym realnym możliwościom człowieka i ginie po upadku z dużej wysokości.