Siedmioletnie rządy Mercuriana były okresem ilościowego rozwoju i konsolidacji Towarzystwa Jezusowego. Opracowano szczegółowe reguły dla przełożonych zakonnych (1577) oraz wyciąg podstawowych reguł z Konstytucji nazywany Summariuszem (1580). Liczba członków wzrosła z 4 do 5 tys. Otwarto 28 nowych kolegiów (m.in. w Poznaniu i Jarosławiu), 20 seminariów papieskich oraz utworzono 2 nowe prowincje (m.in. w 1575 r. samodzielną prowincję Polską). Mercurian poparł również w 1579 r. projekt podniesienia kolegium w Wilnie do rangi Akademii. W trosce o rozwój Kolegium Rzymskiego Mercurian sprowadził doń wybitnych teologów Roberta Bellarmina i Franciszka Suareza. Aby wspomóc katolików pod rządami Elżbiety I zainicjował misję angielską wysłając na Wyspy Brytyjskie Edmunda Campiona i Roberta Personsa. Patronował misji szwedzkiej prowadzonej przez Antoniego Possevina, Stanisława Warszewickiego i Wawrzyńca Nicolai Norwega. Misjom zamorskim przysłużył się kierując do tej pracy szereg wybitnych jednostek – m.in. Matteo Ricci.