W kręgu zainteresowań naukowo-muzealnych J. Szczepańskiego znajduje się problematyka funkcjonowania armii rosyjskiej od końca XIX stulecia do wybuchu I wojny światowej; militarne aspekty pierwszej okupacji niemieckiej na ziemiach polskich 1915–1918, wojsko II RP ze szczególnym uwzględnieniem jednostek balonowych. Od lat bada historię Legionowa i Mazowsza oraz dzieje dawnej pocztówki. Opublikował artykuły m.in. w „Dziejach Najnowszych”, „Studiach Mazowieckich”, „Kwartalniku Historii Żydów”, „Roczniku Mazowieckim”, „Spotkaniach z Zabytkami”, „Kwartalniku Historycznym Karta”, „Niepodległości i Pamięci”, „Zeszytach Naukowych Muzeum Wojska w Białymstoku”, „Zeszytach Naukowych Ostrołęckiego Towarzystwa Naukowego”, „Pułtusk. Studia i materiały z dziejów miasta i regionu”, „Ziemi Łomżyńskiej”, „Mińskich Zeszytach Muzealnych”, „Filokartyście”, „Polis”, „Roczniku Mareckim" i „Roczniku Legionowskim”. W latach 2015–2016 zastępca redaktora naczelnego „Rocznika Wołomińskiego”.