Pod koniec roku ukrywał się w Wilnie pod przybranym nazwiskiem Ignat Witażenc.

W czasie powstania był głównym redaktorem czasopisma w języku polskim „Chorągiew swobody”, które było oficjalnym organem Komitetu Prowincjonalnego skierowanym do całego społeczeństwa. Również w kolejnych numerach „Mużyckiej Praudy” oraz innych swoich odezwach pisanych do chłopów po białorusku (min. Pismo ad Jaśka haspadara s pad Wilni da mużykow ziemli polskoj) wzywał do posłuszeństwa wobec „Rządu Polskiego” i zachęcał do przeciwstawianiu się „Moskalom”.

Zdradzony przez jednego ze swych żołnierzy, nocą 10 lutego 1864 roku (29 stycznia starego stylu) wydany został w ręce Rosjan i uwięziony w Wilnie w Kościele Dominikanów, gdzie napisał po białorusku Listy spod szubienicy. Swojej roli w powstaniu nie umniejszał i nie ukrywał, ale zarazem odmawiał wskazywania współpracowników.