Tego samego roku zostaje uwięziony za ponowne bezprawne wtargnięcia i drobne kradzieże. 1967 – Gotti zatrzymany za federalne przestępstwo wyłudzania haraczy od Portu Kennedy’ego. 1968 – Gotti zatrzymany przypadkowo za przestępstwo stanowe (porwanie). Sędziowie uznają go winnym i zostaje skazany. 1969 – Gotti odwołuje się od wyroku i dowodzi swojej niewinności. Wtedy władze podciągnęły czyn porwania pod przestępstwo federalne. Dostaje 3 lata. Wyrok odsiaduje w więzieniu USP Lewisburg w Pensylwanii. W więzieniu FBI zakłada mu nielegalny podsłuch, przez co sprawa o kolejne haracze zostaje oddalona. styczeń 1972 – Gotti wychodzi na wolność. 1973 – Gotti wykonuje osobistą przysługę dla Carlo Gambino, bossa rodziny. Ma zabić McBratneya, który wcześniej zabił siostrzeńca Carla. Gotti zgadza się. Jedzie wraz z Ralphem „Ralphie” Galione, żołnierzem Paula Castelano, „zastępcą” rodziny Gambino, do baru. McBratney zostaje zabity przez Ralpha „Ralphiego” Galione 22 maja w barze. 3 czerwca 1974 – John zostaje zatrzymany w Queens za morderstwo McBratneya. 1975 – Ława przysięgłych uznaje Gottiego winnym zabójstwa i skazuje go na 2 lata więzienia w Green Haven.