Po kilku miesiącach gospodarowania wrócił do Dorpatu, by kontynuować studia.
Początki działalności rewolucyjnej We wrześniu 1860 na wieść o tworzeniu polskich legionów we Francji przerwał studia i wyjechał do Paryża. Dotarł tam w listopadzie i podjął naukę w Polskiej Szkole Wojskowej przygotowującej kadrę instruktorską dla legionu polskiego oraz kraju na wypadek powstania. Ponadto uczestniczył w wykładach na Sorbonie i Collège de France. W grudniu 1860 opublikował pierwszą drukowaną pracę Listy z Inflant. W Paryżu uczestniczył w środowiskach patriotycznych skupionych wokół gen. Ludwika Mierosławskiego. Ponieważ sprawa legionu się komplikowała, zaś w kraju rozpoczęły się patriotyczne manifestacje, wraz z bratem Józefem w marcu 1861 poprzez Wrocław, Kraków i Warszawę powrócił do Dorpatu, a następnie do Wilna. Tam na zlecenie gen. Mierosławskiego organizował tzw. Komitet Centralny na Litwie do kierowania działalnością rewolucyjną.
8 maja 1861 po patriotycznej demonstracji w Kościele katedralnym w Wilnie został aresztowany przez władze rosyjskie jako jej główny organizator. Został zesłany do guberni archangielskiej, początkowo do miasta Mezeń, a po ośmiu miesiącach do Archangielska. Uzyskał tam pracę w kancelarii guberni.