Na dzisiejsze miejsce nad rzeczkę Łabnę przeniósł miasto w latach 1434–1443 wnuk Janusza I, Bolesław IV warszawski. Przeniesienie to spowodowane było wzrostem zaludnienia na Wysoczyźnie Kolneńskiej, utratą znaczenia drogi wodnej Pisy na korzyść dróg lądowych oraz zbyt małą powierzchnią w miejscu dotychczasowej lokalizacji. W XVII i XVIII w. był to ośrodek starostwa niegrodowego, w XVI w. nastąpił rozkwit miasta (handel, rzemiosło).

Kolno zostało spalone w czasie insurekcji kościuszkowskiej (1794), w 1795 znalazło się w zaborze pruskim, od 1807 w Księstwie Warszawskim, a od 1815 w Królestwie Polskim. W XIX w. w mieście mieścił się ośrodek handlu płótnem kurpiowskim. W 1867 Kolno zostało siedzibą powiatu. Dużą rolę w życiu miasta w XIX i 1 połowie XX wieku odgrywali Żydzi. W 1827 stanowili oni 38% ogółu mieszkańców, podczas gdy w 1857 już 62%. W 1939 miasto zamieszkiwały 5163 osoby, z czego Żydzi stanowili 67%.

W wyniku działań I wojny światowej zabudowa miasta uległa częściowemu zniszczeniu. W 1915 wojska niemieckie zbudowały połączenie kolejowe między Kolnem a Piszem (normalnotorowe) oraz Myszyńcem (wąskotorowe).

Po odzyskaniu przez Polskę niepodległości w 1918 miasto wróciło w jej granice.