13 października 1941 roku Globocnik spotkał się w Kętrzynie z Reichsführerem-SS Heinrichem Himmlerem i SS-Obergruppenführerem Friedrichem Wilhelmem Krügerem. Niedługo później, pod koniec października, rozpoczęto budowę obozu zagłady w Bełżcu.
Jesienią 1941 roku zapadła decyzja o wybudowaniu w dystrykcie lubelskim jeszcze jednego ośrodka zagłady. Niewykluczone, że podjęto ją już podczas wspomnianego spotkania Globocnika z Himmlerem i Krügerem. Peter Longerich przypuszczał natomiast, że decyzja zapadła po rozmowach Himmlera z delegacją rządu marionetkowej Słowacji w ostatnich dniach października 1941 roku i miała związek z planowanymi deportacjami Żydów słowackich do dystryktu lubelskiego. Drugi obóz miał w założeniu pełnić funkcję pomocniczą względem obozu w Bełżcu. Jako miejsce jego lokalizacji wybrano okolice Sobiboru. Przemawiało za tym kilka przesłanek. Przede wszystkim stacja kolejowa Sobibór, przy której zbudowano ośrodek zagłady, umożliwiała sprawne przyjmowanie transportów oraz zapewniała dogodne połączenia z miejscowościami Lubelszczyzny, w których znajdowały się żydowskie getta. Wokół rozciągały się tereny zalesione i słabo zaludnione, co ułatwiało utrzymanie ludobójstwa w tajemnicy.