Powrócił także do komponowania muzyki filmowej, tworząc ścieżkę dźwiękową do filmu Mio in the Land of Faraway (1987).
W 1995 wystawił z Ulvaeusem kolejny autorski musical – Kristina från Duvemåla, którego fabuła oparta jest na powieści Vilhelma Moberga Emigranci.. Spektakl cieszył się dużym zainteresowaniem publiczności i zebrał przychylne recenzje prasy. W tym okresie odrzucili także propozycję złożoną przez Tima Rice’a do napisania piosenek do filmu animowanego Król lew.
W 1999 w Londynie premierę miał musical Mamma Mia!, który współtworzył m.in. z Ulvaeusem i którego akcja opierała się na przebojach ABB-y. Spektakl cieszył się dużym zainteresowaniem publiczności, w kolejnych latach wystawiany był m.in. w Australii, Stanach Zjednoczonych i krajach Europy, a także w Chinach. W 2000 napisał ścieżkę dźwiękową do filmu Songs from The Second Floor.
W 2001 założył folkowy zespół Benny Andersson Orkester. W kwietniu 2007 ich utwór „Du är min man” pobił krajowy rekord najdłuższej obecności na szwedzkiej liście przebojów, pozostając w notowaniu przez 143 tygodnie.
W 2004 zagrał epizodyczną rolę w minifilmie pt. Our Last Video Ever, który został następnie wydany na płycie DVD jako The Last Video.