Kozłowskiej w Zgromadzeniu Kapłanów Mariawitów, odrzucali jej inicjatywę zreformowania kleru, a także podawali w wątpliwość prawdziwość objawień Mateczki.
W efekcie Kongregacja Inkwizycji dekretem z 4 września 1904 r. nakazała likwidację zgromadzenia mariawickiego oraz odsunięcie Marii Franciszki Kozłowskiej od kierowania siostrami i jakiegokolwiek wpływu na kapłanów. Księża mariawici uznali ten dekret za tragiczną pomyłkę wynikłą z przekazywania do Watykanu nierzetelnych informacji i nadal czynili zabiegi mające na celu uznania Zgromadzenia Kapłanów Mariawitów przez papieża. 27 stycznia 1906 r. przez arcybiskupa warszawskiego został suspendowany prowincjał płocki Zgromadzenia Kapłanów Mariawitów ks. Jan Kowalski. Spowodowało to wypowiedzenie posłuszeństwa swoim biskupom przez członków Zgromadzenia – 1 lutego 1906 r. arcybiskupowi warszawskiemu Wincentemu Popiel-Chościakowi, a 8 lutego biskupowi płockiemu Apolinaremu WnukowskiemuWedług innego źródła, ks. Kowalski wypowiedział posłuszeństwo biskupowi 6 lutego 1906 r. Zob. Borys Przedpełski, Mirosław Michalski: Życie i dokonania arcybiskupa Jana Marii Michała Kowalskiego (1871–1942), Rocznik Teologiczny LXVI, z. 3/2024, DOI: 10.36124/rt.2024/17, Chrześcijańska Akademia Teologiczna w Warszawie, Warszawa 2024, s. 450.. W ciągu sześciu tygodni do połowy marca 1906 r.