Sława jego zaczęła gasnąć wraz z w postępującą chorobą, której pierwsze objawy wystąpiły w 1775Był to być może syfilis, ale może zakażenie rany twarzy odniesionej w wypadku kolasy w jednej z podróży do Monachium na zaproszenie księcia elektora Bawarii Maksymiliana III. Przez wiele lat zastanawiano się nad prawdą i plotką co do charakteru tej choroby, sądząc, że choroba weneryczna uszkodziłaby pamięć kompozytora, więc i informacje w tej sprawie są niepewne. Mozart odwiedzając Myslivečka w szpitalu był informowany o niezaraźliwości jego choroby, ale pomimo zapewnień lekarzy nalegał na spotkanie w ogrodzie.. Leczenie powstałej gangreny (a może rany syfilitycznej) spowodowało paraliż twarzy i mimo zgody na usunięcie nosa, Mysliveček nie powrócił do zdrowia i straciwszy pieniądze umarł osamotniony, zubożały i zapomniany w Rzymie, gdzie też Mr Barry (według innych Sir Brady), życzliwy mu Anglik, uczeń i przyjaciel, sprawił mu pogrzeb na cmentarzu przy kościele San Lorenzo in Lucina w Rzymie. Grób Myslivečka nie przetrwał do dziś.
Dzieła Muzyka wokalna Msze Paerum elegans D-dur (1772); Messa D-dur (ca. 1772); Litanei D-dur (ca. 1777); Requiem eis-moll.