Przy tych działaniach poniosły pewne straty. 18 października wszystkie statki zostały wezwane przez dowództwo wojsk białych do Krasnojarska, dokąd przybyły 21 października. 1 listopada zostały zacumowane na przystani, ich silniki częściowo rozebrane i przetransportowane na brzeg. Część załóg pozostała na statkach dla ochrony, pozostałych odkomenderowano do oddziałów. Było to związane z tym, że głównodowodzący wojskami białych w guberni jenisejskiej uznał niemożliwość dalszego działania bojowego Jenisejskiej Rzecznej Flotylli Bojowej. Pojawiły się wprawdzie plany jej reaktywowania, ale zostały przekreślone zdobyciem przez wojska bolszewickie Krasnojarska 6 stycznia 1920. Przejęły one statki flotylli białych, z których utworzono Jenisejską Flotyllę Wojenną.