Od 2 czerwca uczestniczyła ona w operacji tasiejewskiej. Do 10 czerwca barki z wojskiem ochraniane przez parochody i 3 kutry zostały przetransportowane w dół Jeniseja. Po drodze były wysadzane nieduże desanty. Walczyły one z oddziałami Tasiejewskiej Armii Partyzanckiej. W czasie ich odwrotu statki wspierały ogniem artyleryjskim i karabinów maszynowych nacierające wojska białych. 12 lipca operacja zakończyła się. 1 parochod i część kutrów pozostały na rzece dla patrolowania, zaś por. Pokrowski z 1 kutrem powrócił do Krasnojarska. Od końca lipca do I poł. września statki flotylli patrolowały Jenisej z dopływami, od czasu do czasu zwalczając oddziały partyzanckie zbliżające się do brzegu rzeki. 5 sierpnia 2 kutry pod dowództwem por. Zabielina przepłynęły do miasta Biełocarsk, tworząc oddział flotylli rzecznej przy oddziale minusinskim. Po zajęciu Minusińska przez oddziały partyzanckie 12 września 1919, 2 kutry wypłynęły w górę rzeki, docierając 22 września do oddziału minusinskiego. Zmobilizowano i uzbrojono 2 parochody, aby przetransportować desant pod Minusińsk. W pierwszych dniach października 1919 rozpoczęła się operacja minusinska. Do II poł. października kutry flotylli rozpoznawały brzegi rzeki i zwalczały ogniem artyleryjskim oddziały partyzanckie. Zatopiły też prom przewożący konnicę partyzantów.