240px|thumb|left|Krwawiący wrzód żołądka. Po lewej widoczna końcówka igły służącej do tamowania krwawień. Niektóre zastosowania lecznicze panendoskopii: usuwanie polipów błony śluzowej obliteracja (zamykanie) żylaków przełyku i żołądka tamowanie krwawień rozszerzanie zwężeń, w tym też leczenie achalazji przełyku zakładanie protez do zwężonych odcinków przewodu pokarmowego wykonywanie gastrostomii usuwanie ciał obcych ze światła przewodu pokarmowego koagulacja zmian naczyniowych usuwanie wczesnych zmian nowotworowych i zmian podnabłonkowych (endoskopowa dysekcja podśluzówkowa)
Powikłania Panendoskopia jest względnie bezpiecznym badaniem. Ocenia się, że do powikłań dochodzi w 0,13% panendoskopii, a do zgonu badanego w 0,004% (czyli raz na 25.000 badań). Ryzyko powikłań jest wyższe w przypadku procedur zabiegowych w porównaniu z badaniami jedynie diagnostycznymi.