W Fürth grał pół roku.
W styczniu 2008 roku Stefan wrócił do Austrii i podpisał kontrakt z Rapidem Wiedeń, a suma transferu wyniosła 600 tysięcy euro. W Rapidzie swój debiut zaliczył 16 lutego w meczu z Austrią Kärnten. 2 marca 2008 roku strzelił pierwszą bramkę dla klubu przeciwko Sturm Graz (0:2). Do końca sezonu zdobył 7 goli w 11 meczach i przyczynił się do wywalczenia mistrzostwa kraju przez Rapid. Z kolei w sezonie 2008/2009 zdobył 23 bramki i zaliczył m.in. hat-tricki w meczach z LASK Linz (5:0) i SCR Altach (8:1).
31 sierpnia 2009 Maierhofer przeszedł za 1,8 miliona funtów do angielskiego Wolverhampton Wanderers. 12 września 2009 zadebiutował w Premier League w meczu z Blackburn Rovers (1:3) i w debiucie zdobył gola. W czasie swojego pobytu w angielskim klubie został wypożyczony dwa razy: do Bristol City, gdzie rozegrał tylko 3 spotkania, oraz do klubu 2 Bundesligi MSV Duisburg.
24 sierpnia zawodnik wrócił do kraju podpisując 2-letni kontrakt z Red Bull Salzburg. W 2013 roku odszedł do 1. FC Köln, w którym spędził pół sezonu. Następnie grał w Millwall, SC Wiener Neustadt, ponownie w Millwall, w 2015 przeszedł do FK AS Trenčín. W 2017 roku trafił do SV Mattersburg