Wywiad amerykański przypuszcza, że Buckleya wywieziono do Doliny Bekaa, a stamtąd do Syrii. Po potwornych torturach (został żywcem odarty ze skóry) i przesłuchaniach, trwających ponad rok, Buckley został zamordowany w czerwcu 1985. Film z zarejestrowanymi torturami został przekazany mediom przez oprawców. W grudniu 1991 odnaleziono szczątki Buckleya, porzucone w plastikowej torbie w pobliżu lotniska w Bejrucie.
William Francis Buckley został pochowany z pełnymi honorami wojskowymi na Cmentarzu Narodowym w Arlington. W swojej długiej karierze wojskowej i wywiadowczej został odznaczony m.in. Srebrną i Brązową Gwiazdą, Purpurowym Sercem (dwukrotnie), Medalem za Chwalebną Służbę oraz Krzyżem za Wybitną Służbę Wywiadowczą (Distinguished Intelligence Cross).
Odznaczenia Silver Star Bronze Star z okuciem „V” Purple Heart (dwukrotnie) Meritorious Service Medal Soldier’s Medal Distinguished Intelligence Cross Intelligence Star Exceptional Service Medallion Combat Infantry Badge Parachutist Badge Gallantry Cross z brązową gwiazdą (Wietnam Południowy)