Placówka w Bejrucie Buckley pozostał w Libanie do chwili ewakuacji sił OWP z Bejrutu w sierpniu 1982. Następnie również na prośbę DCI zajął się opracowaniem zasad polityki antyterrorystycznej administracji Ronalda Reagana. W marcu 1983 po zamachu bombowym na ambasadę USA w Bejrucie został mianowany przez Caseya szefem tamtejszej placówki CIA. Pierwszym zadaniem nowego jej szefa była próba wprowadzenia agentów CIA do struktur grup terrorystycznych, jednakże operacja zakończyła się całkowitym fiaskiem.
Tajemnicze uprowadzenie, tortury i śmierć 16 marca 1984 William Buckley został uprowadzony niecały kilometr od swojej rezydencji. Szef CIA domagał się natychmiastowego odnalezienia Buckleya. Do Bejrutu przybyli w tym celu agenci wywiadu armii amerykańskiej (Army Intelligence) i Federalnego Biura Śledczego – FBI. Do wykonania szczegółowych zdjęć potencjalnych kryjówek terrorystów użyto satelitów, nie dało to jednak żadnych rezultatów.