Tylko interwencji papieża, który obawiał się nadmiernego wzrostu potęgi Świętego Cesarstwa Rzymskiego i nalegał, by Henryk ruszył na wyprawę krzyżową, a nie na Konstantynopol, zawdzięczał Aleksy III, że Henryk w ogóle chciał pertraktować i na razie zadowolił się upokorzeniem i ruiną materialną przeciwnika. Henryk działał jednak dalej, zhołdował władcę Cypru i Małej Armenii, okrążając Bizancjum od południa i wschodu. Nim jednak nastąpiło ostateczne uderzenie we wrześniu 1197 roku cesarz umarł.
Rozkład państwa Cesarstwo rozprzęgało się tymczasem wewnętrznie. W Tesalii usamodzielnił się kolejny możnowładca Michał Kamytzes. Korzystając z oddzielenia środkowej Grecji od stolicy Cesarstwa przez Kamytzesa w 1200 roku archont Nauplii Leon Sguros zajął Argos, a w następnie Korynt. W 1201 roku wojska Kamytzesa i Dobromira Chryza, niezależnego władcy w Macedonii, podjęły ofensywę w Tesalii. Aleksemu udało się przeciągnąć Chryza na swoją stronę i zlikwidować zagrożenie w Tesalii. Gorzej poszło mu w środkowej Grecji. Wysłana przeciw Sgurosowi w latach 1200–1202 ekspedycja wojskowa, prowadzona była przez dowodzącego nią Michała Stryphnosa wyjątkowo niemrawo i ostatecznie spełzła na niczym. Sguros rozszerzył obszar swego państwa o Attykę i Beocję z Tebami, oparły mu się tylko Ateny, których bronił energiczny biskup Michał Choniates.