Tak wycofane zostały linie: 1, 14, B oraz zmniejszano liczbę kursów dobowych poszczególnych linii.
Po restrukturyzacji przedsiębiorstwa w latach 1998 – 2001 zadania transportowe realizowały 54 jednostki autobusowe, w tym autobusy Autosan H9-35 (34 szt.), Autosan A10-10M (1 szt.), Mercedes-Benz (1 szt.), DAF MB200 (5 szt.), Kapena City (12 szt.), Autosan H10-11 (1 szt.). Po 2000 r. MPK Gniezno rozpoczęło sukcesywne wymienianie taboru na nowoczesny. I tak zaczęto od Mercedesa O345 Conecto nr taborowy 019, który MPK kupiło jako nowy, następnie kolejne i tak przez lata do liczby 7 sztuk. Po drodze kupiono Neoplany N4011 (4 sztuki), N4010 i N4009 (po 1 sztuce) w latach 2005-2007 jako nowe kupione zostały Jelcze M101I Salus w liczbie 3 sztuk, a także sporo używanych Mercedesów O405N i O405NK, 3 sztuki Solaris Urbino 10 II (2 sztuki z lotniska Okęcie 042,043 i 1 sztuka ze Szwajcarii 041). W latach 2011–2012 zakupiono 4 sztuki fabrycznie nowych Solarisów Urbino 10 III, następnie kilka używanych Mercedesów O405NK (tak, aby do końca wyeliminować Autosany H9), a rok 2016 przyniósł sporo zmian: od wcześniejszej zmiany prezesa (2014), do zmiany logo, umundurowania, malowania pojazdów, rozkładu jazdy, aż do sporych zmian taborowych. Wycofano wszystkie Autosany pozostawiając jeden jako pojazd historyczny nr.