4 lipca 1947 został aresztowany przez Urząd Bezpieczeństwa. Przeszedł okrutne śledztwo, ciężko chorując na gruźlicę. 3 stycznia 1948 Wojskowy Sąd Rejonowy pod przewodnictwem sędziego Jana Hryckowiana, postanowił o przedłużeniu śledztwa do kwietnia 1948, dopiero po orzeczeniu lekarskim, że „dalszy pobyt w więzieniu może zagrażać życiu”, spowodował zmianę aresztu tymczasowego na obowiązek meldowania się co miesiąc w MBP. Po tej decyzji sądu, płk Józef Różański zawiadomił żonę Zdanowskiego o zwolnieniu męża. Zwolniono go 17 stycznia 1948, przewożąc w stanie agonalnym karetką. W domu był już nieprzytomny i zmarł po dwóch dniachStefan Stamirowski, Jak umierał Dzięgielewski, Jak umierał Zdanowski, „Robotnik” CKZ PPS Londyn 1956. Jak pisał później Zygmunt Zaremba:

Zmarł 19 stycznia 1948 w swoim mieszkaniu przy ul. Koszykowej 45. Pogrzeb odbył się na cmentarzu Powązkowskim w obecności tylko najbliższej rodziny. Nie pozwolono na ogłaszanie nekrologów. Pochowany jest w kwaterze 241, rząd 2, grób szóstyEdmund Reński, Skradzione sztandary PPS, s. 72.