Studia i praca Z obozu przyjechał do siostry do Krakowa i podjął studia na tajnym Uniwersytecie Jagiellońskim. Kontynuował je po wojnie pod kierunkiem prof. Józefa Feldmana i prof. Kazimierza Piwarskiego. Przez pewien czas mieszkał w domu akademickim, działał w Bratniej Pomocy (przez pewien czas był wiceprezesem i prezesem tej organizacji); potem przez rok mieszkał u Jerzego Turowicza przy ulicy Krupniczej, utrzymując się z pracy w gazecie jako korektor, a także w Państwowym Liceum Administracji Handlowej jako nauczyciel.
W lutym 1948 otrzymał dyplom magistra historii. Działając w Bratniej Pomocy poznał swą przyszłą żonę Annę, studiującą na UJ farmację. Prof. Karol Maleczyński zaproponował Henrykowi Zielińskiemu etat starszego asystenta na Uniwersytecie Wrocławskim, gdzie podjął pracę 15 lutego 1949. Od tego dnia aż do śmierci, z paroletnią przerwą na początku lat 70., Henryk Zieliński związany był z tą uczelnią. Niemal przez wszystkie te lata również mieszkał (wraz z rodziną) we Wrocławiu. Na UWr. podjął też studia na drugim fakultecie (prawo), jednak po dwóch latach (w 1951) z nich zrezygnował.