Dążąc do uniezależnienia Kościoła od władzy świeckiej, zabiegał o dobre relacje z nową władzą, witając na ziemiach polskich Konstantego Romanowa, a także apelując do kleru diecezjalnego o odprawianie nabożeństw dziękczynnych za pomyślność kraju po ogłoszeniu Królestwa Kongresowego. Od 1815 należał do Komisji Wydziału Oświecenia i Spraw Wyznań Religijnych Królestwa Polskiego, został także członkiem Senatu. W związku z prowadzoną działalnością polityczną rządy biskupie sprawował głównie z Warszawy przy pomocy wikariuszy generalnych: Baltaraza Paszkiewicza i Polikarpa Augustyna Marciejewskiego.
30 czerwca 1818 po utworzeniu przez Piusa VII diecezji sejneńskiej w miejsce zniesionej diecezji wigierskiej został mianowany jej biskupem diecezjalnym. Na polecenie władz świeckich dokonał reorganizacji sieci dekanalnej, dostosowując ją do nowych granic diecezji, w wyniku czego zostały wydzielone regiony: litewski i łomżyński.
Konsekrował biskupa kujawsko-pomorskiego Franciszka Skarbka-Malczewskiego (1815), biskupa diecezjalnego krakowskiego Jana Pawła Woronicza (1816) i biskupa pomocniczego gnieźnieńskiego Daniela Ostrowskiego (1816).