Niestety w latach 1956–1958 nastąpiła destabilizacja życia parafialnego, ponieważ był to okres tzw. „odwilży przy Gomułce”. Około 50% wiernych opuściło kętrzyńską parafię i wróciło na swoje dawne miejsca zamieszkania. Pozostających ogarnął smutek i żal, gdyż nie wszyscy mogli skorzystać z możliwości powrotu. Młody i pełen optymizmu kapłan odwiedzał autobusem, bądź pieszo mieszkających w odległych miejscowościach wiernych, niosąc im pocieszenie i otuchę. W końcu udało mu się. Parafia w Kętrzynie stała się centrum życia religijnego na Warmii i Mazurach. Tutaj przyjeżdżali wierni z okolicznych parafii na nabożeństwa.
W latach 60., proboszcz parafii wraz z wiernymi, zmuszony był do podjęcia działań zmierzających do konserwacji odpadającego tynku z freskami. W tym też czasie rozebrano sąsiedni budynek gospodarczy (dawny Obwodowy Urząd Miar i Jakości), który przylegał do ołtarza cerkwi, zbudowano ogrodzenie wokół świątyni i powstała możliwość urządzania procesji. Dla zabezpieczenia budynku przed wilgocią, zainstalowano centralne ogrzewanie i urządzono świątynię w taki sposób, na jaki pozwalała architektura.