Zanim powstała parafia, wierni dojeżdżali na nabożeństwa do Giżycka.
W miejscowości Pudwągi (dawniej Paswangen) osiedlili się wierni z Nosowa i to właśnie tutaj w 1949 w domu Eustachiusza Komorowskiego rozpoczęły się pierwsze prawosławne nabożeństwa. Nabożeństwa tutaj sprawował ks. Anatol Bondar, dojeżdżający z Giżycka i to właśnie on rozpoczął starania o pozyskanie obiektu i otwarcie parafii w Kętrzynie. Przy współpracy i efektywnej pomocy Aleksego Juszczuka (od 1949 starosty cerkiewnego), nauczyciela Mikołaja Durowicza i wcześniej przybyłych wyznawców, rozpoczęto długotrwałe starania o kaplicę poewangelicką przy ulicy Bolesława Limanowskiego 9. W tym też czasie świątynia była zamieniona na budynek gospodarczy. Ostatecznie miasto przekazało kompletnie zdewastowaną kaplicę i rozpoczęto adaptację tegoż budynku na cele kultu prawosławnego. Pierwszym proboszczem, zorganizowanej przez ks. Bondara parafii prawosławnej w Kętrzynie, został od 1951 ks. Aleksy Uszakow, który przybył na Ziemie Odzyskane z Kodnia. To właśnie dzięki jego staraniom uzyskano mieszkanie w bloku znajdującym się przy cerkwi, jak również sprowadzono ikonostas, który w nieco zmienionej postaci znajduje się w kętrzyńskiej cerkwi do dziś.