Pomimo iż odpowiadał z „wolnej stopy”, został aresztowany w Zabierzowie, w trakcie odbioru broszur socjalistycznych z Wiednia.
Znalazł się na ławie oskarżonych 35 socjalistów w tzw. procesie krakowskim, obok Ludwika i Stanisława Waryńskich, Stanisława Mendelsona, Hieronima Truszkowskiego i swojego brata Antoniego Wincentego. Proces zakończył się w 16 kwietnia 1880 uniewinnieniem wszystkich oskarżonych. Wkrótce znów został aresztowany na miesiąc i oskarżony o propagandę socjalistyczną. Po procesie mieszkał przez pewien czas we Lwowie, gdzie organizował młodzież robotniczą. thumb|200px|Mieczysław Mańkowski na zesłaniu W 1883 przystąpił do założonej przez Ludwika Waryńskiego „Międzynarodowej Socjalno-Rewolucyjnej Partii Proletariat”. Opuścił Galicję i przedostał się do Warszawy, gdzie organizował grupy partyjne. Planował zamach na szpiega Huzarskiego. Został jednak aresztowany wskutek denuncjacji prowokatora Rutkowskiego i osadzony w X Pawilonie Cytadeli Warszawskiej. W grudniu 1885 skazany przez sąd wojenny na 16 lat katorgi. Tuż przed wyrokiem skierował list do „braci na wolności”, pisząc: Katorgę odbywał w .