Poznańska Skałka Krypta zasłużonych powstała w roku 1923 z inicjatywy proboszcza ks. Bogusława Kościelskiego na wzór Skałki w Krakowie. Zaczęto wówczas przenosić do kościoła prochy zasłużonych Wielkopolan.
W samym kościele, w nawie południowej znajduje się marmurowy sarkofag dłuta Marcina Rożka, w którym złożono szczątki ochrzczonego w tym kościele Karola MarcinkowskiegoWielkopolska ciekawie. Karol Marcinkowski i „pruski porządek” [dostęp 2020-03-07]. Natomiast w kaplicy św. Antoniego znajdują się epitafia osób spoczywających w Krypcie Zasłużonych, znajdującej się pod kościołem. W krypcie spoczywają prochy: Józefa Wybickiego – twórcy Hymnu Polskiego; Antoniego Kosińskiego – współtwórcy Legionów Dąbrowskiego; płka Andrzeja Niegolewskiego – uczestnika szarży pod Somosierrą; Heliodora Święcickiego – założyciela i pierwszego rektora Uniwersytetu Poznańskiego; ks. Wacława Gieburowskiego – założyciela i pierwszego dyrygenta chóru katedralnego, nauczyciela Stefana Stuligrosza; Feliksa Nowowiejskiego – kompozytora, twórcy melodii Roty; Tadeusza Szeligowskiego – kompozytora; Stefana Bolesława Poradowskiego – kompozytora i pedagoga; Pawła Edmunda Strzeleckiego - podróżnika; ks. Franciszka Bażyńskiego – proboszcza parafii św. Wojciecha, działacza oświatowego; ks. Aleksandra Żychlińskiego - sługi Bożego, teologa; serce gen.