Wnętrze pseudobazylikowe, trójnawowe. W nawach głównej i północnej sklepienia gwiaździste, zaś w południowej sieciowe (siatkowe). Z dawnych dwunastu ołtarzy do naszych czasów dotrwało pięć. W prezbiterium znajduje się ołtarz szafowy z rzeźbą przedstawiającą wniebowzięcie pochodzącą z XVI wieku (szafa została odtworzona w XX wieku) wykonany prawdopodobnie przez osoby związane z warsztatem Wita Stwosza. W nawie północnej, w późnorenesansowym ołtarzu umieszczono obraz przedstawiający Anioła Stróża z 1630, za którego autora uznaje się Krzysztofa Boguszewskiego, który był proboszczem tego kościoła w latach 1630–1635. W nawie południowej, w ołtarzu, który również pochodzi z późnego renesansu, znajduje się obraz przedstawiający Opłakiwanie Chrystusa. Malowidło powstało w połowie XVI wieku w szkole florenckiej. Na zachodniej ścianie wisi kilka portretów trumiennych oraz blach herbowych należących w dużej części do rodu Naramowickich, a pochodzących z XVII i XVIII wieku.
Wejście do kaplicy św. Antoniego zamyka kuta, żelazna krata z pierwszej połowy XVII wieku wykonana w stylu renesansowym.
Całość kościoła pokrywa pochodząca z początku XX wieku modernistyczna polichromia autorstwa Antoniego Procajłowicza, odnowiona w 1999 roku.