Jednak pomimo tych pierwotnych sukcesów nizarytów, Seldżucy, korzystając z oczywistej dysproporcji sił, począwszy od roku 1106 stopniowo odzyskiwali stan posiadania. Dokonywano wewnętrznych czystek w seldżuckiej armii, mordując podejrzanych o sympatie nizaryckie. Całkowicie przepędzono nizarytów z południowych prowincji Iranu, Farsu oraz Kermanu, Seldżucy odbili także fortece w okolicy stołecznego Isfahanu oraz irackie miasto Tikrit. Konieczność prowadzenia nierównej walki z przeważającym przeciwnikiem spowodowała, że nizaryci zaczęli uciekać się do stosowania skrytobójstwa. Eliminowali oni w ten sposób znaczących przedstawicieli wroga, przede wszystkim przywódców duchowych i politycznych, ale również urzędników niższego szczebla oraz uczonych. Mordy te miały zwykle wymiar propagandowy i polityczny, rzadziej militarny. Z rąk nizaryckich skrytobójców zginęły m.in. takie osobistości jak wezyr Nizam al-Mulk (zm. 1092), kalif abbasydzki Al-Mustarszid (pan. 1118–1135) i kalif fatymidzki Al-Amir (pan. 1101–1130). Należy jednak zauważyć, że nizaryci nie byli pierwszymi, którzy uciekli się do takich metod, ani nie jedynymi, którzy stosowali je w tym okresie.