W latach 1802–1806 Zerboni po nabyciu znacznej posiadłości ziemskiej na terenie Księstwa Poznańskiego zajął się gospodarką rolną i dzięki wytężonej pracy doprowadził swe gospodarstwo do rozkwitu. Po klęsce Prus w bitwie pod Jeną Polacy w Poznańskiem podjęli walkę przeciwko Prusakom, sąsiedzi namawiali Zerboniego, ażeby się do nich przyłączył. On jednak odmówił, uzasadniając to przysięgą złożoną na wierność królowi Prus. Takie zachowanie zostało zapamiętane i już w 1810 r. Zerboni został przywrócony do służby państwowej jako rzeczywisty tajny radca, jednak bez prawa używania tytułu ekcelencja, co bardzo go dotknęło.
Na kongresie wiedeńskim przyznano Prusom Wielkopolskę, określaną jako Wielkie Księstwo Poznańskie. Król Prus Fryderyk Wilhelm III mianował Zerboniegotekst nr 17 Odezwa króla Prus. w 1815 r. naczelnym prezesem tej prowincji, gdzie uczynił wiele dla usprawnienia administracji. Na tym stanowisku pozostał do 1824 r., następnie przebywał w swym majątku Rąbczyn pod Wągrowcem w Wielkim Księstwie Poznańskim, gdzie zmarł w wieku 65 lat i został pochowany.