13 kwietnia 1919 Debs został osadzony w więzieniu federalnym w Atlancie. W jego obronie Charles Ruthenberg zorganizował 1 maja wspólny marsz związkowców, socjalistów, anarchistów i komunistów w Cleveland, który przerodził się w gwałtowne zamieszkiThe Encyclopedia Of Cleveland History by Cleveland Bicentennial Commission, red. David D. Van Tassel, John J. Grabowski . Siedząc w więzieniu Debs kandydował w 1920 na prezydenta, otrzymując rekordową liczbę 913 664 głosów (6,4% poparcia). Napisał też szereg prac krytycznych wobec systemu penitencjarnego, zebranych później w książce i opublikowanych po jego śmierci. Prokurator generalny A. Mitchell Palmer, przestraszony złym stanem zdrowia Debsa, zwrócił się do prezydenta Woodrowa Wilsona z prośbą o ułaskawienie więźnia. Wilson odpowiedział: „Nigdy!” i napisał „Odmowa” na podaniuJames W. Loeven Lies My Teacher Told Me: Everything Your American History Textbook Got Wrong, Touchstone Books 1995. 25 grudnia 1921 republikański prezydent Warren Harding ułaskawił Debsa i przyjął go w Białym Domu. W 1924 Eugene Debs został zgłoszony do Pokojowej Nagrody Nobla przez fińskiego komunistę Karla H. Wiika. Jesienią 1926 schorowany Debs udał się do sanatorium w Elmhurst w stanie Illinois. Zmarł 20 października 1926 w wieku 70 lat.