Właściwość terytorialna Archiwum w Krakowie miasta i gminy: Alwernia, Biskupice, Czernichów, Dobczyce, Drwinia, Gdów, Gołcza, Igołomia-Wawrzeńczyce, Iwanowice, Jerzmanowice-Przeginia, Kłaj, Kocmyrzów-Luborzyca, Koniusza, Kraków, Krzeszowice, Liszki, Michałowice, Mogilany, Myślenice, Niepołomice, Nowe Brzesko, Pcim, Proszowice, Raciechowice, Radziemice, Siepraw, Skała, Skawina, Słomniki, Sułkowice, Sułoszowa, Świątniki Górne, Tokarnia, Trzyciąż, Wieliczka, Wielka Wieś, Wiśniowa, Zabierzów, Zielonki.
Oddział w Bochni miasta i gminy: Bochnia, Borzęcin, Brzesko, Czchów, Dębno, Drwinia, Gnojnik, Iwkowa, Lipnica Murowana, Łapanów, Nowy Wiśnicz, Rzezawa, Szczurowa, Trzciana, Żegocina.
Oddział w Nowym Sączu Miasta i gminy: Bobowa, Chełmiec, Gorlice, Grybów, Gródek nad Dunajcem, Jodłownik, Kamienica, Kamionka Wielka, Korzenna, Krynica-Zdrój, Laskowa, Limanowa, Łabowa, Łącko, Łososina Dolna, Łukowica, Łużna, Moszczenica, Muszyna, Nawojowa, Nowy Sącz, Piwniczna-Zdrój, Podegrodzie, Ropa, Rytro, Sękowa, Stary Sącz, Tymbark, Uście Gorlickie.