Orzeszkowej 7, obecnie Rakowicka 22E) Oddział V – materiałów kartograficznych i dokumentacji technicznej, (do 2020 roku ul. Lubicz 25 b, obecnie Rakowicka 22E) Oddział VI – nadzoru nad narastającym zasobem archiwalnym, (do 2020 roku ul. Grodzka 52, obecnie Rakowicka 22E) Oddział VII – ds. organizacyjnych i administracyjnych,(do 2020 roku ul.Sienna 16, obecnie Rakowicka 22E) Oddział VIII – konserwacji i zabezpieczania zasobu archiwalnego, (do 2020 roku ul. Lubicz 25 b, obecnie Rakowicka 22E)
Obecnie krakowskie Archiwum posiada także 3 oddziały zamiejscowe oraz 2 ekspozytury: Oddział w Bochni, ul. Konstytucji 3 Maja 3 Oddział w Nowym Sączu, ul. Jagiellońska 56A Oddział w Tarnowie, ul. Chemiczna 16 Ekspozytura w Spytkowicach, (do 2020 roku ul. Zamkowa 48, obecnie Rakowicka 22E) Ekspozytura w Nowym Targu, os. Na Skarpie 11/9