W latach 1693–1696 podwyższono ściany nawy i prezbiterium, tym samym zmieniając układ przestrzenny świątyni z halowego na bazylikowy. W czasie odbudowy w nawie głównej i prezbiterium wykonano barokowe sklepienia kolebkowe z lunetami. W nawach bocznych natomiast zachowano sklepienia gotyckie (krzyżowe).
Remonty i modernizacje bazyliki W swojej historii bazylika przeszła na przestrzeni wieków wiele modernizacji i remontów. Historia remontów i modernizacji bazyliki jasnogórskiej Data Zakres prac 1617–1622 budowa wieży wraz z bocznymi aneksami 1690–1693 odbudowa kościoła (sklepienia nawy głównej i prezbiterium oraz jej wyposażenie) po pożarze 16 lipca 1690 staraniem prowincjała o. Tobiasza Czechowicza 1693–1696 wykonanie dekoracji stiukowej (warsztat Alberta Bianco), podwyższenie nawy i prezbiterium początek XVIII wieku dekoracja i wyposażenie wnętrza (prace rzeźbiarskie i sztukatorskie), realizowane staraniem przeora i prowincjała o. Konstantego Moszyńskiego 1760–1762 marmoryzacja oraz złocenie ścian bazyliki staraniem przeora o.