Kościół pozostał czynny po 1945 jako filiał parafii ewangelicko-augsburskiej w Olsztynie. Po 1956 liczba wiernych tego wyznania w mieście poważnie spadła, zaś w latach 60. XX wieku zlikwidowano sąsiadujący z kościołem cmentarz, urządzając na tym terenie park. Świątynię wpisano do rejestru zabytków 10 października 1956 pod nr A-174.
Od 1966 obiekt jest użytkowany wspólnie przez parafię ewangelicko-augsburską i parafię prawosławną św. Onufrego w Pasłęku, erygowaną w 1949 na potrzeby ludności ukraińskiej przesiedlonej podczas Akcji „Wisła”Stefan Dudra: Kościół Prawosławny na ziemiach zachodnich i północnych Polski po II wojnie światowej. Zielona Góra: Uniwersytet Zielonogórski, 2004. , ss. 253–254. i do tej pory dysponującą jedynie cerkwią domowąA. Matreńczyk, Ojciec Anatol – nasz cziłowik, Przegląd Prawosławny, nr 8 (290), sierpień 2009.. Wtedy też został z funduszy PAKP odremontowany. Od 1989 kościół pasłęcki jest filiałem parafii ewangelicko-augsburskiej w Ostródzie. Od 1991 świątynia formalnie jest współwłasnością protestantów i prawosławnych.
Obiekt był remontowany w 1997Stefan Dudra: Kościół Prawosławny na ziemiach zachodnich i północnych Polski po II wojnie światowej. Zielona Góra: Uniwersytet Zielonogórski, 2004. , ss. 274–275.