W 637 Ktezyfon został zdobyty i splądrowany przez Arabów, którzy przemianowali bliźniacze miasta na Al-Madain („miasta”). Ktezyfon został opuszczony po tym, jak kalifowie abbasydzcy przenieśli swoją stolicę do Bagdadu w 762, po czym stopniowo popadł w ruinę. Jego budynki służyły jako źródło budulca dla Bagdadu.
Ktezyfon (wraz z Seleucją) był ośrodkiem Kościoła nestoriańskiego – do 800 roku był siedzibą nestoriańskiego Katolikosa-Patriarchy Wschodu.
Architektura Zabudowa Ktezyfonu bazowała na wypalanych cegłach błotnych, materiale nietrwałym, przez co do XXI wieku zachowały się jedynie ruiny ejwanu, z ogromnym sklepieniem kolebkowym (o szerokości 25,5 m, głębokości 43,5 m i wysokości 35 m) – jest to prawdopodobnie najszersze na świecie pojedyncze ceglane sklepienie lub jedno z największych tego typu sklepień na świecie. Stanowi pozostałość po sali audiencyjnej królów sasanidzkich zimowego pałacu królewskiego z około VI wieku – Tak Kisra (tron Chosroua). Inne ruiny uległy zniszczeniu podczas powodzi w 1909.