Struktura organizacyjna w terenie W ZJ przyjęto podział na Okręgi, Powiaty i Gminy. System dowodzenia tworzyli komendanci wojskowi poszczególnych szczebli. W terenie przewidziano powołanie Wojskowych Rejonów Wydzielonych – odpowiedników inspektoratów rejonowych w AK – na potrzeby przyszłego powstania. Dowództwo nad WRW mieli sprawować: komendant wojskowy, dowódca oddziałów wydzielonych i komisarz – z-ca komendanta ds. cywilnych (z ramienia Komisariatu Cywilnego). Największe wpływy ZJ zdobył w Warszawie i okolicach (ok. 1,5 tys. członków), Kieleckiem (ok. 2 tys.), Radomskiem (ok. 1,5 tys.) i Łódzkiem (ok. 300), gdzie organizacja wojskowa nosiła początkowo nazwę Polskie Siły Zbrojne (zmieniono ją na Okręg IX ZJ dopiero 1 maja 1942 r.). Podział terytorialny ZJ przedstawiał się następująco: Okręg Warszawa-miasto – jeden z silniejszych okręgów, dowódca por. Mieczysław Osmólski ps. „Mikołaj Kozłowski”, Okręg Warszawa-województwo – dowódca ppłk pil. Piotr Abakanowicz ps. „Barski”, „Grządziel”, „Grey”, Okręg Kraków – kpt. Tadeusz Boguszewski, Okręg Kielce – jeden z silniejszych okręgów, dowódca por. NN ps. „Olgierd Mirski”, Okręg Częstochowa Okręg Białystok Okręg Mazowsze północne Okręg Lublin – jeden z silniejszych okręgów, dowódca mjr rez. Zygmunt Broniewski ps. „Bogusławski”, Okręg Lwów – zorganizowany latem 1941 r.