Komenda Główna ZJ uformowała się w ciągu 1940 r., tworząc skuteczny system dowodzenia i łączności ze strukturami w terenie oraz zostały opracowane podstawowe dokumenty sztabowe i ogólnoorganizacyjne. Jej skład był następujący: Komendant główny – por. rez. Władysław Marcinkowski ps. „Władysław Szymkiewicz”, „Jaxa”, Szef sztabu i I zastępca – gen. bryg. w st. sp. Tadeusz Jastrzębski ps. „Jabłoński”, „Jabłonowski”, „Powała”, Kwatermistrz i II zastępca – Jerzy Olgierd Iłłakowicz ps. „Alfred”, „Zawisza”, „Michał”, Oddział I Organizacyjny – ppor. rez. Wiktor Radziszewski ps. „Wiktor”, „Wiktor Misiewicz”, „Reński”, Oddział II Wywiadowczy – ppor. rez. Witold Gostomski ps. „Hubert”, „Tatarkiewicz”, „Wiktor Grabowski”, „Nałęcz”, Oddział III Operacyjno-Wyszkoleniowy – kpt. Tadeusz Boguszewski ps. „Wacław III”, „Bielecki”, „Wacław Nakonieczny”, Oddział Oświatowo-Wychowawczy – ppor. rez. Julian Sędek ps. „Juliusz Mac”, „Juliusz Mackiewicz” Biuro Fałszerstw (legalizacji) – Zygmunt Łada, następnie Władysław Weker ps. „Franek”.