Aresztowani byli myci co cztery dni.
Tortury i eksterminacja thumb|Wystawa fotografii ofiar ludobójstwa thumb|Gablota wypełniona czaszkami Większość więźniów była przetrzymywana w S-21 od dwóch do trzech miesięcy. Kilkunastu wysokich rangą oficerów Czerwonych Khmerów przetrzymywano dłużej. W ciągu dwóch, trzech dni po przywiezieniu do S-21 wszyscy byli zabierani na przesłuchanie. System tortur w Tuol Sleng został wymyślony tak, żeby więźniowie przyznawali się do wszystkich przestępstw, o które zostali oskarżeni. Więźniowie byli bici, traktowani elektrowstrząsami, przypalani rozżarzonym metalem i wieszani. Niektórzy byli kaleczeni nożem lub duszeni plastikową torbą. Inne metody wymuszania zeznań to wyrywanie paznokci i polewanie alkoholu na rany, przetrzymywanie głowy pod wodą i waterboarding. Kobiety były czasem gwałcone przez śledczych pomimo to, że wykorzystywanie seksualne było niezgodne z polityką Demokratycznej Kampuczy. Wielu więźniów umierało podczas tortur, choć nie było to zalecane przez reżim, ponieważ Czerwoni Khmerzy potrzebowali ich zeznań.