W 1652 Jakub Rozdrażewski otrzymał urząd wojewody w Inowrocławiu, w tym samym roku w cesji od swego szwagra Piotra Opalińskiego dostał też starostwo odolanowskie. Podczas szwedzkiego potopu, choć podpisał 25 lipca 1655 pod Ujściem kapitulację wojsk wielkopolskichPo bitwie pod Ujściem, to jednak szybko pojechał do Poznania, gdzie 27 lipca uznając ją za zdradę wniósł przeciw niej protest do akt grodzkich. Później skierował się na Śląsk, wiosną 1656 organizował przeciw Szwedom partyzantkęM.in. 15 marca 1656 we Wrocławiu zawiązał konfederację wielkopolską. i pospolite ruszenie, brał udział w walkach o Leszno (kwiecień), Kościan (maj) i Warszawę (II połowa maja). Ponowne oblężenie Leszna, trwające do 8 listopada 1656 zakończyło się sukcesem Rozdrażewskiego i zdobyciem miasta.
Pomimo znacznego majątku, jaki udało się zgromadzić Jakubowi Rozdrażewskiemu, pod koniec życia tonął w długach szacowanych na 1,1 mln złp, będących rezultatem tak nadmiernego przepychu jakim się otaczał, jak nieumiejętnego gospodarowania fortuną, wreszcie wojenną zawieruchą podczas potopu szwedzkiego.
Chorował długo, co najmniej od listopada 1661, zmarł 4 kwietnia 1662 i pochowany został w Koźminie.