Podczas wojny na nowo odkryła swoją żydowską tożsamość. Dołączyła do żydowskiego komitetu antyfaszystowskiego, współpracowała jako tłumaczka z Goldą Meir, ambasadorką Izraela w ZSRR w 1948. Na skutek tej działalności stała się ofiarą antysemickiej nagonki mającej wówczas miejsce w ZSRR. 30 grudnia 1948 została wydalona z partii, a 21 stycznia 1949 aresztowana. Oskarżono ją o to, że "w ciągu szeregu lat utrzymywała przestępcze kontakty z żydowskimi nacjonalistami"Mira Jakowienko, Żona enkawudzisty. Spowiedź Agnessy Mironowej, wyd. Znak Horyzont, Kraków 2014, , tłum. Dorota Bal, s. 428.. Za "szpiegostwo na rzecz syjonistów" 29 grudnia 1949 została skazana przez Kolegium Specjalne Ministerstwa Bezpieczeństwa Państwowego ZSRR na 5 lat zesłania do obwodu kustanajskiego. Wymuszono również jej rozwód z Mołotowem. W styczniu 1953, w trakcie przygotowań do nowego, otwartego procesu, aresztowano ją na zesłaniu i przeniesiono do Moskwy. Natychmiast po śmierci Józefa Stalina została w połowie marca 1953 na polecenie Ławrientija Berii wypuszczona na wolność i zrehabilitowana. Do śmierci pozostała zwolenniczką Józefa StalinaMira Jakowienko, Żona enkawudzisty. Spowiedź Agnessy Mironowej, wyd. Znak Horyzont, Kraków 2014, , tłum. Dorota Bal, s.