Reformy Statutów Kleru Rzymskiego.
Wybór na papieża Wieloletnia praca na stanowisku nuncjusza w Hiszpanii oraz udane współdziałanie z Francją zapewniły Rospigliosiemu pozycję neutralnego kandydata na konklawe 1667 po śmierci Aleksandra VII. 20 czerwca 1667 został on wybrany na papieża i przyjął imię Klemensa IX. 26 czerwca 1667 papież Klemens został koronowany, a 3 lipca odbył uroczysty ingres do bazyliki laterańskiej.
Pontyfikat Miał opinię człowieka skromnego, o nieskazitelnym charakterze. Wyróżniało go to na tle skorumpowanej Kurii Rzymskiej, co znalazło realizację w ograniczeniu powszechnej w pierwszej połowie XVII wieku praktyki nepotyzmu. W polityce zagranicznej papież stanął przed problemem konfliktu francusko-hiszpańskiego, który daremnie próbował załagodzić. W większości spraw papież ulegał wpływom francuskim, m.in. zostawił królowi Francji wolną rękę w nominacjach na urzędy kościelne. Wskutek działań ministra francuskiego de Lionne’a Klemens IX zaakceptował pokój akwizgrański, a potem pokój klementyński, który zezwalał czterem biskupom francuskim, znanym z poglądów jansenistycznych, podpisać kościelny akt potępienia tez jansenizmu;