10 września był atakowany bombami głębinowymi przez niezidentyfikowany okręt przeciwnika, ale w zanurzeniu uszedł pościgowi.
14 września U-39 natknął się na brytyjski lotniskowiec „Ark Royal”, odbywający w eskorcie niszczycieli patrol przeciwko okrętom podwodnym. Opuścił on swoją eskortę, aby umożliwić start samolotom pokładowym, wysyłanym w pościg za innym U-Bootem, U-30, atakującym właśnie odległy o około 200 mil morskich frachtowiec. Po zajęciu dogodnej pozycji Glattes wystrzelił w kierunku lotniskowca trzy torpedy typu G7e z zapalnikami magnetycznymi. Na skutek wady zapalników wszystkie eksplodowały przedwcześnie, zwracając uwagę obserwatorów na lotniskowcu oraz alarmując niszczyciele eskorty (według innego źródła wystrzelone zostały dwie torpedy, ich ślady zostały zauważone na „Ark Royal”, który zdołał wykonać zwrot a torpedy eksplodowały w jego śladzie torowym).