W następnym sezonie klub zajął w II lidze trzecie miejsce, kwalifikując się do baraży, gdzie w półfinale wyeliminowany został przez Galway United. Pomimo niepowodzenia i zakusów licznych klubów pierwszoligowych na najlepszego strzelca klubu Kevina McHugh, Speak zdołał zatrzymać w klubie większość piłkarzy. Choć bukmacherzy typowali Finn Harps na mistrza II ligi w 2003 roku, klub, pomimo obiecującego początku, zajął ostatecznie czwarte miejsce.
Pomimo tylko dwóch porażek w całym sezonie i 9 remisów Speak został zwolniony ze stanowiska trenera. Na krótko jego miejsce zajął dotychczasowy asystent Sean McGowan, który poprowadził zespół w dwóch meczach, które wygrał. W końcu nowym trenerem klubu został Noel King, który odmłodził drużynę i po 6 zwycięstwach z rzędu doprowadził ją na powrót do czołówki drugiej ligi. Gdy do końca sezonu zostały już tylko 4 mecze, Finn Harps był na czele tabeli, jednak wyjazdowe porażki z Bray Wanderers i Dublin City spowodowały, że mistrzem II ligi został Dublin City. W barażach Finn Harps pokonał w półfinale Bray Wanderers, jednak w finale przegrał z dziewiątą drużyną pierwszej ligi Derry City.