W 1589 roku był sygnatariuszem ratyfikacji traktatu bytomsko-będzińskiego na sejmie pacyfikacyjnymCodex diplomaticus Regni Poloniae et Magni Ducatus Lituaniae, wydał Maciej Dogiel. T. I. Wilno 1758, s. 239.. Poseł na sejm 1590/1591 roku z ziemi przemyskiejPosłowie ziemscy koronni 1493–1600, pod red. Ireny Kaniewskiej, Warszawa 2013, s. 336.
20 października 1600 roku Jan Tomasz Drohojowski dowodził własnym pułkiem w bitwie pod Bukową nad Telezyną, gdzie dwudziestotysięczna armia polsko-litewska pod wodzą Jana Zamojskiego i Stanisława Żółkiewskiego pokonała wojska Michała Walecznego.
W lipcu 1603 roku usiłował Marcin Stadnicki objąć w posiadanie wsie referendarza Drohojowskiego Jamnę, Bachów, Berezkę i Łowczynę, z powodu wierzytelności 27.000 złp., a w październiku z powodu pretensji o 11.000 złp., Stanisław Stadnicki (kasztelan przemyski) chciał objąć Trzcianiec i m. Grosiowa, Jamna i Łomna, lecz w obu tych przypadkach Jan Tomasz sprzeciwił się intromisji. Z drugiej strony Drohojowski próbował zająć wsie należące do chorążego Ziemi Sanockiej Stanisława Tarnawskiego, w ramach egzekucji 70 tys. złotych długu jaki chorąży był mu winien. Pomimo wyroków sądów korzystnych dla Drohojowskiego nie udała się ich egzekucja, gdyż Tarnawski darował swoje dobra Stanisławowi Stadnickiemu, a ten stał się jego protektorem.