Syn Krzysztofa Drohojowskiego, i Elżbiety Fredro. Miał pięć sióstr; Annę, Jadwigę, Katarzynę, Zofię, Reginę i dwóch braci; Kiliana Drohojowskiego i Jana Krzysztofa Drohojowskiego – sekretarza królewskiego.
Studiował w kraju i za granicąLeszek Kieniewicz, Sekretariat Stefana Batorego. Zbiorowość i kariery sekretarzy królewskich, w: Studia staropolskie, t. IV, Warszawa 1986, s. 62..
Jako starosta przemyski zaprzyjaźnił się z Mikołajem Herburtem (zm. 1593) kasztelanem przemyskim i razem upominał się z nim u króla o urzędy. I poślubił jego córkę Jadwigę Herburt. Miał z nią syna Mikołaja Marcina Drohojowskiego – ożenionego z Zofią Baranowską. Jan Tomasz był właścicielem dóbr Jamna Dolna i Górna, Trójca, Wojtkowa, Jurkowa, na których to dobrach ubezpieczony był posag jego żony.
W 1578 roku starosta przemyski Jan Tomasz Drohojowski ufundował obecną kaplicę Najświętszego Sakramentu w katedrze w Przemyślu. Poseł na sejm 1582 roku z ziemi przemyskiej. Poseł na sejm koronacyjny 1587/1588 roku z województwa ruskiegoPosłowie ziemscy koronni 1493–1600, pod red. Ireny Kaniewskiej, Warszawa 2013, s. 306.. Poseł na sejm pacyfikacyjny 1589 roku z ziemi przemyskiejPosłowie ziemscy koronni 1493–1600, pod red. Ireny Kaniewskiej, Warszawa 2013, s. 321..