Jinnah był jednym z głównych orędowników podziału Indii na dwa niezależne państwa - Indie i Pakistan. Reprezentował muzułmanów i poprzez skoncentrowane działania dążąc do tego, aby Liga Muzułmańska stała się jedynym reprezentantem interesów muzułmanów indyjskich. Początkowo liczył, że silny mandat pozwoli mu wynegocjować z Jawaharlalem Nehru szerokie prawa dla muzułmanów w zjednoczonych Indiach. Po fiasku tych rozmów oraz załamaniu się planu misji Crippsa zaakceptował ideę utworzenia odrębnego państwa muzułmańskiego. Nowe państwo miało obejmować cztery prowincje z większością muzułmańską na zachodzie subkontynentu (późniejszy Pakistan Zachodni) oraz Bengal Wschodni (późniejszy Pakistan Wschodni, od 1971 niepodległy Bangladesz). W trakcie toczonych od 1946 r. pomiędzy Wielką Brytanią, Indyjskim Kongresem Narodowym i Ligą Muzułmańską negocjacji nad kształtem przyszłości Indii uparcie blokował wszystkie propozycje nieobejmujące powstania dwóch osobnych państw i stosował radykalne środki, m.in. w postaci Dnia Akcji Bezpośredniej, które doprowadziły ostatecznie do podziału dawnej kolonii. Po uchwaleniu przez brytyjski parlament niepodległości Indii i Pakistanu 14 sierpnia 1947 objął urząd gubernatora generalnego Pakistanu i był nim do swojej śmierci.